Eu resolvi o problema com o que parece ser um hack sujo. Se alguém puder fornecer uma resposta melhor, por favor, compartilhe. Caso contrário, eu vou marcar isso como a resposta correta eventualmente.
Crie um iniciador de inicialização automática para a área de trabalho que executa gsettings. Exemplo da seguinte forma:
$ cat /etc/xdg/autostart/gsettings-for-all-users.desktop
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=gsettings For All Users
Exec=gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount false
Icon=system-run
X-GNOME-Autostart-enabled=true
Referência:
-
link