Bem, primeiro você pega algum programa do Windows (arquivo .exe - digamos, um instalador), então você o inicia do terminal usando
cd /here/the/file/is
wine mywindowsprogram.exe
ou, como eu me lembro, você pode clicar com o botão direito do mouse em um arquivo .exe no Nautilus e escolher "Abrir com ..." - > "Vinho"
Por si só, o Wine não tem nenhuma interface ou qualquer coisa que possa ser iniciada, ele simplesmente roda programas do Windows.