Eu fiz alguns testes e descobri o que aconteceu. Primeiro, o comando ls -li mostra o número do inode na primeira coluna, dois hardlinks para o mesmo arquivo terão o mesmo número de inode:
$ echo hi > f1
$ ln f1 f2
$ ls -li
total 8
1646595 -rw-r--r-- 2 randy randy 3 2011-06-18 06:50 f1
1646595 -rw-r--r-- 2 randy randy 3 2011-06-18 06:50 f2
Os arquivos f1 e f2 têm o número de inódo 1646595, são hardlinks para os mesmos dados. Eu usei o emacs para editar f1 e salvar:
$ ls -li
total 12
1646597 -rw-r--r-- 1 randy randy 9 2011-06-18 06:51 f1
1646595 -rw-r--r-- 2 randy randy 3 2011-06-18 06:50 f1~
1646595 -rw-r--r-- 2 randy randy 3 2011-06-18 06:50 f2
Agora, f1 ~ e f2 têm o mesmo número de inode e f1 tem um novo número de inode.
O que o emacs fez quando você salvou é renomeado de f1 para f1 ~ e criou um novo arquivo f1. f1 ~ permaneceu hardlinked para f2, enquanto f1 sendo um novo arquivo não está ligado em nenhum outro lugar.
Não sei se há uma configuração no emacs para alterar esse comportamento.