Chegou aqui via google com o mesmo problema.
Adicionar a opção "-f user" ao sendmail em /usr/share/logwatch/default.conf/logwatch.conf não teve efeito.
Acontece os processos logwatch.pl /usr/share/logwatch/dist.conf/logwatch.conf após /usr/share/logwatch/default.conf/logwatch.conf .
Edite ou remova a MailFrom = root override em /usr/share/logwatch/dist.conf/logwatch.conf para que ela funcione.