Chegou aqui via google com o mesmo problema.
Adicionar a opção "-f user" ao sendmail em /usr/share/logwatch/default.conf/logwatch.conf
não teve efeito.
Acontece os processos logwatch.pl /usr/share/logwatch/dist.conf/logwatch.conf
após /usr/share/logwatch/default.conf/logwatch.conf
.
Edite ou remova a MailFrom = root
override em /usr/share/logwatch/dist.conf/logwatch.conf
para que ela funcione.