O problema aqui não está bem documentado, mas eu já experimentei isso antes. Em sistemas de 64 bits, o valor que você echo é não representado como um inteiro de 16 bits, mas um inteiro de 32 bits.
Tente substituir:
echo 0x1001 > A/net_cls.classid # 10:1
echo 0x1002 > B/net_cls.classid # 10:2
com
echo 0x00100001 > A/net_cls.classid # 10:1
echo 0x00100002 > B/net_cls.classid # 10:2
Isso deve resolver seu problema.
Nota: Não é realmente necessário fornecer os zeros à esquerda no início, mas para maior clareza adicionei-os.