Ambas as plataformas usam o mesmo mecanismo para replicação: Galera . Na página desse link, você notará que há imagens com o PXC e o MariaDB Cluster.
A biblioteca Galera fornece replicação transacional . MyISAM não faz transações, então os problemas que você pode ter agora são muito provavelmente relacionados e não seriam diferentes na plataforma alternativa.
Currently replication works only with InnoDB storage engine. Any writes to tables of other types, including system (mysql.*) tables, are not replicated. However, DDL statements are replicated in statement level, and changes to mysql.* tables will get replicated that way. So, you can safely issue: CREATE USER..., but issuing: INSERT INTO mysql.user..., will not be replicated.
— http://www.percona.com/doc/percona-xtradb-cluster/limitation.html
Currently MariaDB Galera Cluster only supports the InnoDB/XtraDB storage engine.
— https://mariadb.com/kb/en/getting-started-with-mariadb-galera-cluster/
E, é claro, o PXC usa o XtraDB, o substituto compatível do Percona para o InnoDB (ele tem o "XtraDB" no nome), e MariaDB também usa o XtraDB da Percona ao invés do InnoDB da Oracle, embora, para compatibilidade em ambos os sistemas, o mecanismo de armazenamento ainda se chame InnoDB.
Como os dois sistemas compartilham uma quantidade significativa de código e todos pretendem ser essencialmente substitutos substitutos um para o outro, a decisão de qual plataforma usar é, em grande parte, uma questão de opinião. Eu pessoalmente prefiro o fornecedor "x", o que pode significar que eu pessoalmente recomendo que você use MariaDB e também pode significar que eu pessoalmente recomendaria ficar com o PXC, mas na verdade não preciso dizer a você a minha preferência, já que não importa - baseia-se em grande parte em opiniões e impressões e documentação e personalidades e não em qualquer tipo de evidência valiosa.
Sua melhor solução para migrar o MyISAM provavelmente será modificar os dumpfiles para ENGINE=InnoDB
(e quaisquer outras alterações necessárias) ou prepará-los em um servidor independente, convertendo-os e exportando-os como totalmente-InnoDB antes de tentar importe-os para o seu cluster.
Se o problema do MyISAM é sua única preocupação, ou mesmo apenas sua preocupação principal, então o MariaDB Cluster e o PXC são essencialmente idênticos nesse aspecto - eles não o suportam, por uma razão muito sensata - não é viável faça isso.