O VMWare Server está desatualizado e apresenta um desempenho muito ruim em comparação com os hipervisores modernos. A menos que você tenha marcado vmware-server por acidente e estivessem significando ESXi, você deveria pensar seriamente em usar outra solução de virtualização, especialmente desde que você está configurando um novo servidor.
O uso de discos divididos resultaria em um grande número de arquivos (1.750 2 GB de blocos), o que, por sua vez, pode criar interações interessantes com o seu sistema operacional. Como o limite de disco superior do VMWare Server é de 950 GB, você não seria capaz de fazer nenhum tipo de divisão, portanto, a sugestão de criar vários discos e usá-los como PVs em um grupo de volumes para obter um grande volume lógico é certamente uma das abordagens mais simples.
Com o ESXi 4, o limite de disco é de 2 TB, portanto, o problema básico dos discos grandes persiste. O ESXi 5 permite discos virtuais maiores e, como é a versão mais recente, deve ser a primeira opção para sua configuração, se você quiser ficar com a linha de produtos da VMWare.
Eu não usaria discos divididos no ESXi. Todo o raciocínio para divisões de 2 GB é a compatibilidade com softwares que não suportam arquivos maiores do passado (versões antigas do VMWare) ou melhor manuseio em um ambiente de virtualização de clientes. Ambos não se aplicam a uma implantação usual do ESXi e apenas aumentam o número de arquivos a serem manipulados.