Existem apenas duas chaves e não três.
Existe o IISConfigurationKey ("Chave do Computador") que pode viver na raiz da Web, ou na configuração do sistema global e no iisWasKey. Essencialmente, você pode sobrescrever a chave global da máquina, tendo uma na configuração do aplicativo.
A chave da máquina é usada para criptografar as seções de configuração. Essa é a chave que será usada para criptografar coisas como cadeias de configuração e outros bits que você pode especificar como parte do app.config.
O iisWasKey é usado para criptografar a identidade do pool de aplicativos.
Portanto, você precisa da chave privada da máquina que configura a configuração do IIS em todos os servidores IIS no farm para poder descriptografar e executar a configuração que está sendo enviada.