Parafraseando a partir de fóruns do icelava.net :
No Windows x64 determinados caminhos são designados como caminhos de 64 bits e um processo de 32 bits, como o Visual Studio, está sendo redirecionado pelo Windows para o caminho de 32 bits em C: \ windows \ SysWOW64 sempre que C: \ windows \ system32 é referenciado. O processo de 32 bits acha que está procurando em C: \ windows \ system32 \ inetsrv \ config quando ele recebeu C: \ windows \ SysWOW64 \ inetsrv \ config; que na verdade não contém nenhum desses arquivos de configuração que estamos procurando.
Para resolver (crédito para Robert McMurray):
Abra um prompt de comando de 64 bits e execute os seguintes comandos:
cd /d "%systemdrive%\windows\syswow64\inetsrv"
move config configx86
MKLINK /d Config "%systemdrive%\windows\system32\inetsrv\Config"
Ele deve relatar
symbolic link created for Config <<===>> C:\windows\system32\inetsrv\Config
Isso efetivamente renomeia o diretório de configuração de 32 bits para que um link simbólico desse nome possa ser redirecionado para o caminho de 64 bits que realmente nos interessa.