Experimente xargs + rsync:
find . -type f -print0 | xargs -J % -0 rsync -aP % user@host:some/dir/
Você pode controlar quantos arquivos para passar como fonte para cada chamada de rsync com -n
Por exemplo. para copiar 200 arquivos em cada rsync:
find . -type f -print0 | xargs -n 200 -J % -0 rsync -aP % user@host:some/dir/
Se for muito lento, você pode executar várias cópias do rsync em paralelo com a opção -P
:
find . -type f -print0 | xargs -P 8 -n 200 -J % -0 rsync -aP % user@host:some/dir/
Isso iniciará 8 cópias do rsync em paralelo.