O editor de Diretiva de Grupo exibirá apenas as configurações que não "tatuam" por padrão (ou seja, entradas feitas em HKLM\Software\Policies , HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies ou HKCU versões do mesmo). Você precisa alterar o filtro para exibir as configurações que não são "gerenciadas" para ver as entradas feitas fora dessas partes do registro.
As configurações feitas nessas chaves são removidas quando a política não se aplica mais. Configurações fora dessas chaves irão "tatuar" o registro.