Sim, você pode usar o AWS CloudFormer para gerar modelos de CFN de recursos existentes, que você pode modificar e reimplementar.
Certifique-se de que você esteja familiarizado com o CloudFormation antes de fazer isso, já que há muitas maneiras de danificar seu ambiente atual se você não for cuidadoso.
Você pode até considerar a implantação dos modelos em uma conta da AWS separada para minimizar as chances de acontecer algo ruim.