Essa é a ideia, usar systemd (ou upstart etc) dentro de um container. O Docker é usado na maioria das vezes para executar um único serviço por contêiner, portanto, para um site complexo, você precisaria de um contêiner para o servidor da Web e outro para o servidor de banco de dados. Com um gerenciador de processos, você pode executar ambos no mesmo container.
Qual abordagem é melhor é baseada em opinião. Embora o que eu vi rodando o systemd dentro do Docker não é fácil em junho de 2014, por exemplo, há um bug # 3629 - "executando o sistema dentro do contêiner do arco de encaixe trava ou segfaults". Para mais detalhes, leia também "Executando o systemd dentro de um contêiner Docker" .