O seguinte one-liner lhe dará uma lista de quantos arquivos estão em cada diretório e ordenará pelos dez primeiros. Ele será executado recursivamente a partir do seu diretório de trabalho atual, então eu não sugiro que você execute isto de / a menos que você não tenha absolutamente nenhuma pista de onde os diretórios grandes possam estar.
find . -type f | awk '{dir=gensub(/(.+\/).+/,"\1","g (file://1%22,%22g/)"); dir_list[dir]++} END {for (d in dir_list) printf "%s %s\n",dir_list[d],d}d' | sort -nr |head
A saída será semelhante à seguinte:
[user@localhost ~]# find . -type f | awk '{dir=gensub(/(.+\/).+/,"\1","g (file://1%22,%22g/)"); dir_list[dir]++} END {for (d in dir_list) printf "%s %s\n",dir_list[d],d}d' | sort -nr | head
2048 ./test19/
2048 ./test18/
2048 ./test17/
2048 ./test16/
2048 ./test15/
2048 ./test14/
2048 ./test13/
2048 ./test12/
2048 ./test11/
2048 ./test10/
Se você é um pouco cauteloso em rodar uma única linha, procure por todos os diretórios que possuem um tamanho de mais de 50k ou mais. Novamente encontre seu amigo aqui:
find ./ -type d -size +50k
Se você tiver vários pontos de montagem, um df -i ajudará a diminuir a montagem que está ficando sem ou não funcionou.