Atualmente, não é possível usar o CDN do Azure para entregar conteúdo por SSL com um nome de domínio personalizado.
Isso envolveria o acesso do Azure à sua chave privada para que eles o propagassem para todos os sites, por isso não posso vê-los em breve.
O mais próximo disso é se você usou um ponto de extremidade do gerente de tráfego e as veiculou a partir de suas próprias instâncias do Azure. Isso seria mais caro do que sair do CDN, e não oferecerá tantos sites para se beneficiar.