Essa mensagem não é do Windows, essa é a BIOS do PC perguntando de qual dispositivo inicializar quando há vários dispositivos inicializáveis. Você não pode removê-lo sem remover a opção de inicializar no disco rígido
EDITAR:
Então, tecnicamente falando, a mensagem não está no BIOS. Mas a mensagem é chamada pelo BIOS via INT 19H. (Eu, erroneamente, pensei que era uma mensagem in13 que é chamada depois). A especificação inicializável el torito (que é usada para emular um dos dispositivos de inicialização suportados pela bios) requer que o CD seja executado em emulação ou sem modo de emulação. Para remover a mensagem, você teria que executar um gerenciador de partida personalizado sem emulação (por exemplo, escrever seu próprio sistema operacional), já que nenhum dos dispositivos estaria disponível para uso do sistema operacional. Consulte a seção 5.2 da especificação de cdrom inicializável . Para remover a mensagem, você teria que remover o arquivo bootfix.bin completamente. Você não pode fazer isso porque o BIOS foi informado para carregá-lo. Você poderia tentar remover o bootfix.bin antes de criar seu ISO.