Tenho o Atom 330 na placa-mãe Intel D945GCLF2 e uso-o como a base de um servidor de arquivos doméstico. Eu brinquei com isso fazendo outras coisas, mas no final do dia, se você está esperando poder real, pegue outra coisa. Se você quer apenas fazer o pequeno desenvolvimento e teste que você mencionou acima, isso não é ruim para o custo.
Mais do que o processador, acho que é mais limitado pela falta de portas no D945GCLF2 e placas-mãe semelhantes. Se você quer um servidor de arquivos enorme, é difícil por causa de apenas duas portas SATA embutidas. Se você precisar de memória para máquinas virtuais, o slot único com um máximo de 2 GB não é tão grande hoje em dia. Para compartilhamento de rede, ele possui apenas uma porta de rede incorporada. Tudo isso e apenas um único slot de expansão PCI, para que você possa realmente dar um "impulso" (controlador SATA extra, portas de rede extras, placa wifi, qualquer coisa).
Eu nunca o comparei ao Phenom X3 ou similar. Eu o comparei aos processadores regulares de desktop da Intel, que usavam muito mais energia e eram muito mais quentes e mais barulhentos, e aos drives NAS de 2 e 4 drives, que rodavam muito mais devagar e tinham menos flexibilidade.