Para simplificar, cada consulta executada no MySQL usa apenas 1 núcleo da CPU, independentemente de quão multi-core é o mecanismo InnoDB.
Todas as otimizações multi-core dentro do MySQL ajudam quando você tem muitas consultas diferentes sendo executadas ao mesmo tempo e exigindo CPU e dados, mas se você tiver alguma consulta grande que leve minutos / horas para ser concluída, ela sempre usará apenas 1 CPU testemunho. (E se você deve ter essas consultas, você deve comprar servidores com maior velocidade de CPU e menor número de núcleos.)