Claro que você pode remover o usuário do Ubuntu, apenas certifique-se que o novo usuário que você criou é capaz de fazer o sudo, etc.
Em suma, não importa o que seus usuários são chamados. Serviços como o cloudwatch também não fazem login em sua instância para ganhar sinais vitais. A instância é um ambiente virtual, o que a Amazon expõe está disponível para eles a partir do sistema host.
Além disso, não vejo esse usuário como um ponto de segurança - em contraste, ele foi adicionado às AMIs do Ubuntu porque todas as outras AMI permitem que você faça login com o root. Isso é mais um problema de segurança. ;-)
Além disso, a conta é protegida por uma chave privada, por isso não vejo um problema aqui, a menos que sua chave privada esteja comprometida. Nesse caso, você deve gerar um novo par no console da AWS.
Se você realmente quiser outro login, tente renomeá-lo: usermod -l NEWNAME ubuntu