Eu estava procurando fazer a mesma coisa recentemente, mas decidi que seria melhor configurar o MySQL apenas para servir o Mediawiki. Considere as vantagens de cada um:
MySQL
- É uma base de dados suportada, pelo que obterá melhores respostas se algo correr mal.
- Será definitivamente suportado por patches e atualizações.
- É muito bem testado pela Wikipedia. Você é menos propenso a ver um comportamento "estranho".
- Configuração fácil e documentação amplamente disponível - enquanto você provavelmente precisará documentar cuidadosamente os truques que você usa para obter o MediaWiki trabalhando com MSSQL.
SQL Server
- Pode aproveitar os métodos de backup existentes em um ambiente homogêneo
- Pode atribuir permissões com base no Active Directory
Demorei menos de uma hora para configurar uma máquina virtual com uma pilha LAMP, depois instalar e configurar o MediaWiki. Backup é um crontab que despeja o banco de dados MySQL no servidor de arquivos. Sua milhagem pode variar, mas você provavelmente economizará muito tempo indo com a solução suportada.