O interpretador PHP (FastCGI) foi criado para executar arquivos PHP dessa maneira; ou seja, ele executa um script, esquece todo o estado interno e começa novamente.
O Python não foi criado para isso.
Você poderia tentar criar uma solução em cima do flup; você poderia __import__
o script solicitado e chamar uma função "handleRequest" ou similar.
Você pode "recarregar" um módulo para atualizá-lo: link
Mas você não pode descarregar módulos, então o uso da memória aumentará: link