O seu dispositivo incorporado pode ter algumas limitações, por isso vou descrever apenas uma abordagem geral que você pode seguir.
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Crie uma imagem de disco do sistema que você já configurou. Escolha o software de imagem de disco que funciona melhor com o seu dispositivo.
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Crie uma mídia de inicialização que inicializará em seu dispositivo e concluirá completamente o processo de restauração da imagem. Você pode armazenar a imagem do dispositivo na própria mídia de inicialização ou em algum compartilhamento de rede, supondo que você possa acessá-la facilmente.
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Coloque a mídia de inicialização em um novo dispositivo e deixe-a fazer o trabalho. Você também pode fazer uma dúzia de cópias da mídia de inicialização e executá-las todas em paralelo.
Como já sugerido, dê uma olhada no Clonezilla. Se funcionar com o seu dispositivo, pode ser a opção mais fácil.