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Como você provavelmente já descobriu, o / var / run é efêmero por design. Verifique o FHS para obter mais informações sobre ele e outros diretórios.
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O diretório / var / run / php5-fpm deve existir antes do php-fpm tentar usar. Nem o php-fpm nem o script de inicialização parecem estar criando, então você terá que entrar.
A opção mais fácil é ajustar seu script de inicialização para criar o diretório de uma maneira muito específica ao seu ambiente. A desvantagem é que isso adiciona bagagem que você terá que carregar em seu "kit de ferramentas sysadmin".
Existem duas outras opções que estão mais envolvidas, mas seriam soluções permanentes para você e outras pessoas:
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Envie um patch para o código fonte php-fpm para verificar a existência do diretório definido nos arquivos .conf. Isso exigirá o conhecimento dos processos de C e PHP para o envio do patch .
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Envie um patch para o sistema init da sua distribuição Linux para que ele faça o mesmo. Isso pode ser mais fácil (em comparação com a primeira opção) e provavelmente exigirá conhecimento do shell script e, novamente, dos processos da sua distro para o envio do patch.
Você pode fazer a correção rápida (alterar seus scripts de inicialização) e seguir em frente, mas um bom exercício seria seguir uma das opções permanentes para que outras pessoas possam se beneficiar. É simples o suficiente e você pode ficar viciado em contribuir para projetos de código aberto (se você ainda não fez isso, perdoe minha ignorância).