Um backup de estado do sistema do controlador de domínio mestre do Schema deve fornecer opções decentes. Isso pressupõe que você não alterará nada no AD ou no Exchange com a exceção de itens que precisam ser alterados para a migração. Estou assumindo que este é um ambiente pequeno. Se falhar, restaure o estado do sistema de volta para esse DC. Além disso, se você puder colocar outros DCs off-line para o processo de migração inicial, provavelmente ele também será melhor (contanto que o seu mestre de esquema também seja um servidor de catálogo global). Você deve ser capaz de lidar com suas principais mudanças no primeiro dia.
Você terá que migrar eventualmente. Você também pode consertar qualquer problema que tenha agora. Tenho muita dúvida de que a Microsoft apoiará as migrações de 2003 depois de 2010. Se você acabar com isso agora, terá alguns anos antes de precisar se preocupar com outra migração forçada.
EDITAR
Como você tem alguns controladores de domínio, recomendo apenas remover o mestre de esquema da rede para a atualização do esquema. Se o seu mestre de esquema estiver no servidor 2003, mova a função para um servidor 2008, desconecte-o da rede, faça um backup do estado do sistema, faça a atualização do esquema. Se isso acontecer, conecte-o novamente e deixe os outros CDs replicarem. Todas as suas alterações no AD depois disso podem ser revertidas conforme necessário.
Outra edição :
O mestre de esquema precisa ser movido para um controlador de domínio de 2008 porque o instalador do Exchange não será executado em 2003. Se você for isolar o mestre de esquema com a finalidade de garantir as atualizações de esquema corretamente, é necessário ter essa função em um servidor do qual você pode executar a atualização do esquema.
O motivo pelo qual estou recomendando que você isole o mestre de esquema é porque isso impedirá que uma atualização de esquema com falha seja replicada para os outros controladores de domínio. Nunca vi uma atualização do esquema falhar, mas se ocorresse e o DC estivesse isolado, você poderia restaurar o estado do sistema e não se preocupar com a replicação do esquema com falha. Depois que o esquema é alterado, ele não pode permanecer inalterado. Se você não tiver isolado e replicar um esquema ruim, não há como desfazer isso.
O processo de atualização de esquema não precisa de acesso a todos os DCs, apenas ao mestre de esquema. Depois que o esquema for atualizado corretamente, conecte o mestre de esquema de volta à rede para replicar. Você então tem acesso a todos os DCs (embora eu não ache que você precise de acesso a todos os DCs para instalar o Exchange. Apenas mestre de esquema e um catálogo global).