O que eu mais faço é abrir um prompt de comando e digito perfmon.msc. Isso me dá o monitor de desempenho. Em seguida, crio um conjunto do Data Collector, com os contadores que preciso. Mas depois disso, analisar o registro do coletor de dados é a parte mais difícil.
Eu escrevi um artigo no blog sobre a análise de registros de desempenho em meu próprio blog, está aqui para sua referência (e também uma descrição de qual contador é usado para o quê): Principais contadores de desempenho e seus limites para o Windows Server (sugerido pela Microsoft) . Há muitos contadores que você pode usar e também alguns modelos. Esses modelos estão dentro da ferramenta PAL (Análise de Desempenho de Logs): link
Esta ferramenta também pode analisar os registros de desempenho para você e fornecer um belo relatório formatado em HTML. É claro que você pode sempre optar por não usar essa ferramenta e analisar os logs de desempenho por conta própria.