Ele deve estar fora de qualquer diretiva do VirtualHost. Veja:
Por definições em:
e vinculado a partir do rótulo de contexto da entrada, o valor 'configuração do servidor' significa:
"" "Isso significa que a diretiva pode ser usada nos arquivos de configuração do servidor (por exemplo, httpd.conf), mas não dentro de nenhum ou de contêineres. Não é permitido em arquivos .htaccess." ""
Mais importante, você realmente precisa configurá-lo?
Existem apenas determinados horários em que você deseja usar o WSGIPythonHome. Muitas vezes as pessoas tentam usá-lo pelas razões erradas.