Não deveria haver.
O Docker e outras tecnologias de contêineres Linux compartilham o acesso ao kernel e possuem seus próprios sistemas de arquivos inteiramente separados do host. Portanto, a execução de um contêiner arbitrário no mesmo hardware e no kernel, mas em duas distros diferentes, não deve, em teoria, fazer qualquer diferença. Isso é o que torna os contêineres tão poderosos, eles são confiáveis de forma idêntica em uma grande variedade de hosts.