Suponho que o GPO que você estava alterando era o GPO de Domínio Padrão; é o único que afeta o domínio do usuário. Os GPOs nas UOs afetam apenas as contas locais nos computadores membros do domínio que estão nessa UO.
Embora os domínios no modo Win2008 possam fazer políticas baseadas em UO, no entanto, não pesquisei como nem os detalhes.