A clonagem não é o caminho a seguir, devido à configuração do Exchange que está sendo armazenada no diretório ativo. Felizmente, a documentação meticulosa provavelmente não é necessária.
Eu sei que pode não ser a resposta que você procura, mas vendo que você está apenas adicionando um segundo CAS + HUB, simplesmente instalando o servidor (2008 R2 eu suponho?) leva cerca de 30 minutos, coloque o SP ligado ( mais 30 minutos?) e todos os WUs (um bom tempo, mas é fácil!) e instalar o Exchange (não muito longo, < 1 hora) pode ser a maneira mais eficiente de fazê-lo.
As funções do CAS e do HUB selecionam as políticas do domínio. As únicas coisas reais que você precisa fazer é configurar seus endereços IP e diretórios virtuais.
No entanto, como você está adicionando um segundo CAS, vou assumir alguma forma de NLB, que é a maior coisa a fazer aqui, pois isso pode afetar tanto o CAS novo quanto o antigo. Não é algo que o SCCM poderia ter resolvido de qualquer maneira - sempre uma abordagem manual e planejamento necessário.
Então, em resumo, faça isso manualmente .. não é tão ruim quanto você pensa, porque a maior parte da configuração é armazenada no AD e ele é captado.