A replicação DFS da Microsoft fará o que você está falando. Ele monitora o diário de alterações do NTFS e usa os números de arquivos atribuídos exclusivamente para rastrear renomeamentos / movimentações de arquivos.
O Windows Server 2003 R2 e o Windows Server 2008 podem fazer isso. O serviço Replicação DFS está incluído no Windows Vista, mas o recurso "PC to PC Sync" que o usaria foi cortado do Vista RTM. Eu não vejo onde ele já foi adicionado de volta ao produto. (Alguém que sabe mais sobre isso do que eu deveria comentar sobre isso.)
Editar:
Você pode "capturar" suas ações através de movimentos iniciais / renomeações via script e, em seguida, executar esse script nas máquinas remotas. É sub-ótimo, mas se você não vai pagar por algo que usa o diário de mudança do sistema de arquivos, você mesmo terá que implementar a funcionalidade.
Se você fizer isso via script, apenas use caminhos relativos em seu script e então você terá um script adequado para rodar sem modificação nas cópias remotas.
Não há dúvida de que alguém poderia escrever uma pequena interface gráfica que "agia" como o Explorer e permitia que você fizesse os movimentos / renomeie / etc e gerasse um script desse tipo. Seria um nicho bonito, eu acho.