Você parece ter vários problemas.
- É possível que o seu disco do servidor fique cheio. Você não tem nenhum tipo de tendência e representação gráfica (Cacti, snmp + mrtg, Munin) e monitoramento (Nagios, Monit) no lugar? Se você não for notificado de que um disco está ficando mais cheio do que alguns% de limite, aposto que você também não receberá alertas sobre outros problemas sérios.
- Você não parece ter um esquema sensato de rotação de registros ou um registro central configurado.
Corrija esses. E se você tiver um servidor ocupado, configurar o Apache para usar recursos de syslog em vez dos próprios arquivos de log do Apache pode realmente aumentar o desempenho, pois o Apache não esperará que a entrada de log seja realmente gravada, ele simplesmente lança no syslog confiando na mensagem. seja logado.
Google como você pode usar a diretiva CustomLog
do Apache junto com logger
e como você pode configurar um servidor de log centralizado. Vai ser bom para você a longo prazo.