Como @toppledwagon sugere nos comentários a minha pergunta, eu verifiquei /var/log/security e com certeza houve uma entrada para permissões ruins na árvore ~/.ssh/authorized_keys incluindo o diretório pessoal.
Depois de fazer essas edições, consegui fazer login na conta do usuário por meio do ssh com as chaves RSA:
$ chmod g-w /home/your_user
$ chmod 700 /home/your_user/.ssh
$ chmod 600 /home/your_user/.ssh/authorized_keys
Ref: link
Depois de ajustar essas permissões, consegui fazer o login. Foi interessante observar que eu já tinha o arquivo .ssh dir e authorized_keys definido como 700 e 600 , respectivamente. Por algum motivo, o diretório inicial não foi definido corretamente.
Obrigado a todos que ajudaram nos comentários.