Sim, você está pedindo por problemas. Para obter um bom desempenho do iSCSI, você precisa habilitar os pacotes jumbo no switch. No 3560, você só pode definir o tamanho de MTU para o switch inteiro, não para portas individuais. Então você teria que definir um MTU maior para toda a rede, o que pode levar a mais problemas com os quais você terá que lidar.
Além desse problema, você está adicionando mais complexidade a uma parte muito importante da sua infraestrutura. Além disso, você está introduzindo possíveis vulnerabilidades de segurança, pois o salto de VLAN pode ser uma preocupação real quando tudo não está configurado corretamente.
Você também precisa se preocupar com o desempenho no switch. O iSCSI é muito sensível a problemas de desempenho. Você pode estar sobrecarregando o switch fazendo com que ele faça tanto a rede quanto a rede SAN.
Fique longe disso! Compre um switch dedicado para sua rede iSCSI e você não terá arrependimentos.