Eu tive bons resultados do wapiti - ele verifica seus formulários da web e tenta injeções e ataques XSS contra eles.
Se você tiver tempo, sugiro obter a distribuição backtrack - é um liveCD modificado do ubuntu que foi carregado com nikto, wapiti, openVAS (um fork do nessus) e centenas de outras excelentes ferramentas de auditoria de segurança; Eu usei isso em algumas auditorias e tive bons resultados - definitivamente vale a pena explorar as ferramentas nele.
Veja o nikto guia passo a passo aqui .