Se você tiver a mesma ordem de cabos nas duas extremidades, é um cabo direto. Se você usar A de um lado e B do outro, é um cabo cruzado (embora a ordem seja dificilmente aleatória, obviamente, mas suponho que você soubesse disso). A questão é que os cabos dentro do seu cabo UTP não são nada além de cobre, não importa a cor do isolamento. Os sinais elétricos que passam não se importam com cores.
Funcionará muito bem, mas existe um padrão para reconhecer facilmente o tipo de cabo que você está lidando e para garantir que você não se atrapalhe ao fazer cabos cruzados. Eu tenho certeza que também há razões mais complicadas, mas o RFC ou o que não deve ajudá-lo se você quiser saber mais. : -)
EDIT: Massimo respondeu que poderia de fato fazer uma diferença afinal de contas: os 4 pares de cabos são, de acordo com ele (eu não sabia disso antes e não o doublecheck), distorcidos de forma diferente. Esta torção garante que a interferência eletromagnética seja reduzida ao mínimo (também a razão pela qual você deseja fazer a parte não torcida ao fazer o cabo o mais curto possível).