Eliminar seus caches provavelmente afetará o desempenho do servidor, pois ele deve reler os dados acessados com frequência de volta aos caches após cada queda de cache.
Não há nenhum motivo real para descartar seus caches. Para o kernel do Linux, a memória que está sendo usada para cache é essencialmente livre e será passada para os aplicativos sempre que eles precisarem. Dê uma olhada no site para mais informações.
Com relação aos dados armazenados no memcached - isso é seguro contra os efeitos de descartar os caches page / dentries / inodes.