Você pode encontrar onde o MySQL está procurando por seus arquivos de configuração (para que você saiba onde procurar ou onde colocar um) perguntando as ferramentas. Por exemplo:
dan@Penzance:~/Source/miscellany$ mysql --help | grep cnf
order of preference, my.cnf, $MYSQL_TCP_PORT,
/etc/my.cnf /opt/local/etc/mysql5/my.cnf ~/.my.cnf
Isso mostrará os locais em que ele está procurando arquivos de configuração (em ordem). O servidor deve usar as mesmas configurações. O exemplo acima é da instalação do Macports; o seu pode ser diferente.