Você precisa enviar a saída desse comando wget para /dev/null se quiser evitar a criação de um arquivo da resposta (em branco) do seu script php.
Exemplo em curl
curl -q http://your.server/script.php > /dev/null
Exemplo em wget
wget -q -O /dev/null http://your.server/script.php
Se você tiver a opção, use curl , que é uma ferramenta melhor para esse trabalho.