Usando o Bash, acho que é:
mkdir -p {{a..f},{0..9}}/{{a..f},{0..9}}/{{a..f},{0..9}}
Pode fazer mais sentido apenas criá-los conforme necessário.
Acho que, como é hexadecimal, isso dá 16 diretórios x ^ para x = profundidade da árvore, mas alguém do stackoverflow provavelmente pode explicar isso melhor e / ou confirmar se isso é preciso.