Antes de capturar seu WIM, configure seu computador de referência com os aplicativos que você deseja pré-instalados. Quando o WIM é aplicado a um destino, tudo o que resta a fazer é associá-lo ao domínio e aplicar as atualizações.
Com isso dito, a beleza de usar o MDT (e, por extensão, o SCCM) é que você pode criar pacotes de aplicativos separados que podem ser atualizados independentemente do sistema operacional. Adicionar / remover / atualizar aplicativos não requer uma nova imagem toda vez. Em troca, você aumenta o tempo necessário para implantar uma imagem em um destino.
Para nós, a capacidade de manter os aplicativos separados da imagem do SO tornou o gerenciamento de aplicativos e imagens MUITO mais fácil, mas se você estiver em uma situação em que tenha configurações idênticas para TODAS as máquinas e faça apenas reconstruções de imagem em um local não freqüente base, em seguida, rolar tudo junto seria uma opção melhor para você.