Quando um @ é encontrado em um arquivo de zona, ele é substituído pelo valor atual de $ ORIGIN. $ ORIGIN é geralmente definido como o domínio raiz - o mesmo que você já conhece no godaddy - mas não precisa ser assim. $ ORIGIN pode ser definido como qualquer domínio para simplificar um arquivo de zona ou pode ser deixado indefinido, Nesse caso, será considerado o nome da zona especificado em named.conf.
Mas o comportamento que você está perguntando não tem a ver com o software DNS subjacente, é como a interface web que você recebe analisa as informações que você especifica e gera um arquivo de zona. Aparentemente, a Amazon não permite que você jogue um @ tanto quanto godaddy, então você está preso a ter que usar o nome da zona.
(Vale a pena notar que um registro CNAME tecnicamente não deve apontar para um nome de domínio, ele deve apontar para um NOME de host canônico - mas no seu exemplo, seu nome de domínio também é um nome de host.)