A principal diferença que você verá entre o repositório do Ubuntu e o próprio repositório do projeto MongoDB é sua definição de "estável".
O repositório do Ubuntu manterá a mesma versão principal do MongoDB em seu repositório que foi inicialmente testado com a versão do Ubuntu que você está executando. Qualquer atualização de segurança ou grandes correções de bugs lançadas em uma nova versão do MongoDB serão devolvidas para a versão mais antiga no repositório do Ubuntu, em vez de introduzir uma nova versão principal com possíveis incompatibilidades, alterações no arquivo de configuração, recursos e bugs.
O projeto MongoDB, por outro lado, publicará as novas versões em seus repositórios assim que as considerarem estáveis.
Essencialmente, a principal diferença será que você obterá novas versões mais cedo se usar o repositório do projeto MongoDB - o que pode ser bom se você precisa estar na versão atual, e pode mordê-lo se um bug ou incompatibilidade surge de uma atualização para uma nova versão.