Você não define realmente a sua topologia de replicação, que pode ser usada aqui. Supondo que você tenha um único site com todos os DCs na mesma LAN, a replicação não será o seu problema. Simplesmente ter milhares de grupos normalmente não é um problema, a menos que você tenha restrições severas à replicação (como você faz em todo o país com duas latas de sopa e um pedaço de corda).
O problema que você pode enfrentar é que o token de acesso de um usuário pode conter apenas 1024 SIDs. Uma vez que o usuário é um membro de aproximadamente 1000 grupos, alguns SIDs não podem ser adicionados ao token, o que causará uma falha de acesso ao tentar usar um recurso que exija esse token.
Em resumo, se você tiver um usuário como membro de 1.000 grupos, terá problemas. Se não, você está bem.
Este artigo da TechNet aborda o problema muito bem e este Microsoft documento explica em profundidade (aviso: link direto do documento do word).