Provavelmente você tem alguma biblioteca instalada lá que é carregada em vez das do sistema quando você executa um comando lá e é binário incompatível com os comandos em seu sistema. Provavelmente é algo relacionado a glibc ou assim.
Você pode confirmar isso executando LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 ls
e examinando a saída para ver se ela inclui algum dos arquivos no diretório atual.