Você está dizendo as coisas certas, na minha opinião. Para a conectividade de construção para construção, a fibra não pode ser superada. Será o último cabo que você precisará executar entre os edifícios (desde que você execute o suficiente). Considere a possibilidade de executar várias cadeias para redundância e expansão futura. Eu geralmente recomendo rodar não menos que 6 fios.
Uma vez que você esteja pronto para funcionar, você pode pensar em empurrar o tráfego para outro lado da fibra - eliminando linhas telefônicas em excesso e usando VoIP, etc.
O 100Base-TX sobre fibra multimodo (chamado 100Base-FX) é uma aplicação bastante direta, e acho que você terá boa sorte com isso. Você também deve considerar os custos do hardware Ethernet gigabit. Se você puder dar ao luxo de trazer as fibras em velocidades de gigabit agora eu faria. Mesmo que você tenha 100 megabits de redes internas, eventualmente, você substituirá os switches e acabará com velocidades de gigabit.
Instalar e terminar a fibra não é realmente algo que você mesmo queira fazer se não tiver sido treinado para fazer o trabalho. Você gastará menos dinheiro e tempo, além de obter uma infraestrutura confiável, se tiver um contratado para executar a instalação.
Você certamente pode usar switches Ethernet com portas de fibra ótica, mas os conversores de mídia também são uma rota perfeitamente viável. Eu usei um lote dos pequenos conversores de mídia Allied Telesys FS-202 ao longo dos anos com grande sucesso. (Eu sei de um par que está sendo executado em um site há quase 10 anos.) Eles são baratos (menos de US $ 200,00 cada) e funcionam bem.
Por outro lado, se você tiver comutadores que já possuam portas de fibra multimídia GBIC, SFP ou dedicadas, você poderá economizar alguns custos com eles.
Eu tenho a tendência de gostar de um conversor de mídia sobre um GBIC ou SFP porque eu mantenho a opção de trocar o switch sem afetar a conversão de fibra para cobre. OTOH, usando conversores de mídia autônomos, significa manter uma reserva em caso de falha no conversor de mídia.