Você pode ter dificuldade em alternar entre as mentalidades do Windows e do Linux. Você pode querer usar mecanismos de gerenciamento de configuração, como bcfg2 e puppet .
Além disso, eu recomendaria reservar um tempo para ler www.infrastructures.org , uma brilhante descrição das técnicas de administração em larga escala do Linux. . Tenho certeza de que algumas ideias podem ser aplicadas à sua situação.