A partir do local do comando ( /usr/local/... ), parece que você mesmo compilou o apache e não instalou o pacote da distribuição.
A inicialização dos daemons do httpd deve ser controlada por upstart ou pelo script de estilo System-V em /etc/rc.d .
A solução simples é adicionar o comando a /etc/rc.local . Este arquivo é um script que é executado no final do processo de inicialização. Abra o arquivo no seu editor preferido, por exemplo
gksudo /etc/rc.local
E adicione isso antes da linha que lê exit 0 :
if [ -x /usr/local/apache2/bin/apachectl ]; then
/usr/local/apache2/bin/apachectl start
fi
O teste deve evitar um erro na fase de inicialização que parará o processo de inicialização se, de alguma forma, você conseguir remover o programa, esquecendo-se de reeditar o arquivo.