Como você mencionou o Server App , presumo que seu OS X seja o Mountain Lion. A configuração atual do real está no seguinte local
/Library/Server/Web/Config/apache2/
A configuração do host virtual está em
/Library/Server/Web/Config/apache2/sites
Você provavelmente está vendo /private/etc/apache2/
ou /etc/apache2/
, o que não está sendo usado.