Você está quase certo, tente isto:
id
name
address.0.line1
address.0.line2
address.0.city
address.0.country
address.0.postcode
Inseri seu documento de amostra na coleção bar
no banco de dados test
e, em seguida, executei a exportação da seguinte forma:
./mongoexport --port 31000 -d test -c bar -fieldFile fields.txt --csv > out.csv
Em seguida, verifiquei os resultados, que parecem bons para mim:
cat out.csv
id,name,address.0.line1,address.0.line2,address.0.city,address.0.country,address.0.postcode
1.0,"example","flat 123","123 Fake St.","London","England","N1 1AA"