Eu tenho tentado descobrir como manter o rsync de copiar todos os arquivos todas as vezes, por um longo tempo, sem sucesso. Mas acabei de encontrar a resposta. É um problema de nome de arquivo curto FAT32; aparentemente, por padrão, o Linux os converte para todos os minúsculos, o que bagunça a capacidade do rsync de ver que é o mesmo arquivo na origem & destino.
A solução é montar o dispositivo FAT32 com a opção 'shortname = mixed'. Eu acredito que você também precisa usar charset utf8, por exemplo 'iocharset = utf8'. Em seguida, execute o rsync com params: -rtv --modify-window = 1
No Debian com Trinity, eu posso clicar com o botão direito do mouse no ícone da partição FAT32 na área de trabalho, Propriedades / Montagem, definir Nomes Curtos para misturados e verificar se o Conjunto de Caracteres UTF-8 está marcado. Espero que haja uma maneira de torná-los os padrões para todas as partições FAT32, mas ainda não procurei isso.